1816年成立神学院，1817年成立法学院。
1829年，昆西（J·Quincy）出任哈佛大学校长，他大刀阔斧、极力扭转哈佛大学的方向，大力提倡重视理科教学。他任职的16年期间（1829~1845年），在哈佛大学办起了理学院，建立了一座天文台。18世纪和19世纪，随着哈佛大学的发展，学校课程内容范围扩大、重心切换，自然科学受到了极大重视。
19世纪上半叶，哈佛大学的影响力超出马萨诸塞州之外，到达美国中部和南部。
1869—1909年，查尔斯·威廉·艾略特（Charles William Eliot）担任校长，从根本上使哈佛蜕变为现代美国的研究型大学。查尔斯·艾略特在任校长期间，将课程中固有的基督文化成分删去，让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化；他使法学院、医学院获得了新的活力，并且新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院，注册学生从1000人上升到3000人，教学人员从49名增加到278名，学校基金从2300万美元增加到2.25亿美元。Eliot的改革措施包括选修课程，小班授课，以及入学考试，此一“哈佛模式”影响了美国国家的高等和中等教育政策。此外，Eliot还负责出版了著名的“哈佛经典”，从多个学科收集“伟大的书”。在1926年逝世后，他的名字已和“哈佛”共同成为美国高等教育的同义词。
20世纪，哈佛的地位及声誉，随着所获捐助及教授的人数上升而迅速提升，申请入学的学生人数也因课程数目的增大及校园的扩建而增加，其在1900年成为美国大学协会的创始成员。于1879年成立的拉德克利夫学院与哈佛结盟为姊妹学校，亦成为了美国当时最著名的女子学校；后来两者合并，拉德克利夫成为了哈佛大学的一部分。
1909~1933年，洛厄尔（Abbott Lwrence Lowell）担任哈佛大学校长，他重新制定了大学本科生课程计划，实行课程的集中与分配相结合的制度，以便使学生受到良好的基础教育；而洛厄尔实行的导师制，至今仍被哈佛大学沿用。这一制度的实施使得在大型的综合大学中，本科生都有一个小型的学院环境，新生入学后的第一年住在哈佛校园内或附近的宿舍中，一年以后，学生们分住在12幢宿舍楼内，还为少数走读生设置13幢宿舍楼。每幢宿舍楼内有一位住校教师和一个导师组，指导学生的学习和生活。
1933年上任的校长詹姆斯·布莱恩特·科南特重新建立了创意奖学金制度，以鼓励及吸纳人才、确保学校在研究机构中的领导地位。他认为高等教育是为真正有才华的人服务而不是富家子弟。他调整课程制度，以物色、招聘、并支持有才华的青年。他更在1943年要求教职员对“什么才是中等及高等教育的目的”提出明确的看法，1945年，由此诞生出的报告成为20世纪美国最影响力的教育宣言之一。
1945~1960年，哈佛改变了收生政策，开始接受来自不同背景的学生，而不只是一些来自贵族学校的子弟。学生的种类也开始多元化，校园里多了不少犹太人及天主教徒，但黑人及亚洲人仍只占极少数。
1953~1971年，普西任校长，在他的主持下，哈佛大学进行了美国高等教育史规模最大的募捐活动，筹集资金达8.25亿美元，这项活动提高了哈佛大学教师的薪金，扩大了对学生的资助，建立了新的教授职位，充实了教学设备。
1971年~1991年，博克担任校长，他精心处理了高等教育中一些主要问题，包括行政管理、少数民族和妇女受教育的机会以及学术界与工业界之间的技术转换等问题，博克校长还重新组织了哈佛大学的管理机构，把现代化的管理方法和程序引进到哈佛大学的各个研究生院和各个系科。
1991年，陆登庭出任第26任校长，为了更好地协调各学院和教师关系，他开创了一个全校集中的的学术计划，目的是辨别出哈佛最主要和优先的部分。另外，陆登庭还强调大学的责任：优秀的本科教育，大学的门始终向不同经济阶层的人敞开，研究型大学如何适应信息快速增长和严重财政约束的时代，在一个自由表达的社会中迎接挑战。
20世纪末，女性在哈佛的地位也开始不断上升。初期，女性学生仍集中在拉德克利夫学院。虽然越来越多的女学生愿意报读哈佛的课程，但哈佛的学生仍以男性居多，五个学生里平均只有一个女性。
1999年，拉德克利夫学院正式成为哈佛大学的拉德克利夫高等研究学院。时任院长的德鲁·吉尔平·福斯特也后在2007年正式成为哈佛创校300多年以来第一位女性校长，亦是继宾夕法尼亚大学、布朗大学与普林斯顿大学后，常春藤盟校的第四位女性校长。
现任校长为白乐瑞（Lawrence S. Bacow）。
研究方向(包括但不限于):
Economic Research & Development经济研究与发展
Social Policy 社会政策研究
Social Entrepreneurship社会创业研究
Leadership领导力研究
International Affairs国际事务研究
Social Innovation社会创新研究
Philanthropy慈善事业与经济研究
Politics & Globalization政治与经济全球化研究
Public Finance & Human Rights公共财政与人权研究
Bio-industry and technology management生物产业与技术管理
Business Administration 工商管理
Corporate Governance and Accounting 公司治理与会计
Economics 经济学
Innovation 创新
Entrepreneurship创业家
Finance 金融
Leadership and Leadership Education领导与领导教育
Economics of Technology 技术经济
Education Management 教育管理
Human Resources人力资源
Information technology and Computer Science信息技术与计算机科学
Logistics 物流
Marketing 营销
Project Management项目管理
Real Estate Management房地产经营
Urban Heritage城市遗产管理
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